Le BHNS utilsera des voies dédiées sur 80 % de son tracé entre Trévoux et Lyon. 

L'itinéraire du BHNS se compose de trois sections :

• • Trévoux à Fontaines-sur-Saône : sur 15 kilomètres, avec 10 stations, le BHNS empruntera une plateforme de bus neuve, créée à partir de la reconversion de l’ancienne voie ferrée Trévoux-Lyon, garantissant ainsi une circulation séparée des autres véhicules. Sur cette portion, les intersections seront traitées soit par feux à déclenchement lors du passage du bus (cycle de 30 secdonde), soit par carrefours avec cédez-le-passage ou par STOP.
  • Fontaines-sur-Saône à Rillieux-la-Pape : entre Fontaines et la station ZI Perica (5 kilomètres, 3 stations), le BHNS utilisera des voiries à circulation modérée, ce qui ne perturbera pas le trafic local ;
  • Rillieux ZI Perica au quartier Part-Dieu : sur 8 kilomètres (4 à 5 stations), le BHNS circulera principalement sur des aménagements en site propre, en cohabitation avec d'autres lignes de transport, comme la ligne C2 du réseau TCL.

Lorsque le BHNS ne circulera pas sur une voie dédiée, la priorité sera donnée au bus avec un système de détection en carrefour (souvent déjà existant pour les autres bus). Une signalisation par feux tricolores sera adaptée aux intersections et aux obstacles (pont, viaduc, passage à niveau) pour apporter une sécurité maximale à tous les usagers de la plateforme (piétons, cyclistes…) et aux voiries connectées.

De plus, le BHNS améliorera les correspondances avec les réseaux de bus, de train et de métro, facilitant ainsi les déplacements des usagers qui utilisent plusieurs modes de transport.