Il ne sera pas possible de monter avec son vélo à bord du BHNS. Néanmoins, des consignes vélos sécurisées et des arceaux seront installés à chaque station de la ligne pour favoriser l'intermodalité dans le Val de Saône.
La loi d’orientation des mobilités a favorisé l'emport des vélos dans les trains et les cars, mais pas dans les bus, conformément aux articles L. 1272-5 et L. 1272-6 du Code des transports.
Permettre le chargement des vélos dans le BHNS affecterait en effet la capacité d'accueil des passagers. De plus, l'utilisation de racks spéciaux pour les vélos nécessiterait des arrêts plus longs aux stations, ce qui nuirait à la régularité de la ligne et à la vitesse commerciale. Actuellement, il n'existe pas de dispositif homologué permettant de transporter les vélos à l'arrière des bus de manière fiable et sécurisée.