La tarification du BHNS n'a pas encore été définie. Elle sera déterminée à l’approche de la mise en service de la ligne, en fonction de la politique tarifaire du futur RER lyonnais, un sujet qui dépasse le seul cadre du BHNS, ainsi que par la concertation avec des partenaires comme le SYTRAL Mobilités pour le réseau TCL et la comunauté de communes Dombes Saône Vallée (CCDSV) pour le réseau Saônibus.
L'objectif est de favoriser la multimodalité en permettant des correspondances avec le TER, le TCL et Saônibus. La tarification du BHNS pourrait être intégrée dans les abonnements multimodaux T-Libr avec la création d’une nouvelle zone incluant le TER, le TCL et le BHNS, notamment dans l'Ain. Le support des titres de transport sera la carte Oùra.