La tarification du BHNS n'a pas encore été définie. Elle sera déterminée à l’approche de la mise en service de la ligne, en fonction de la politique tarifaire du futur RER lyonnais, un sujet qui dépasse le seul cadre du BHNS, ainsi que par la concertation avec des partenaires comme le SYTRAL Mobilités pour le réseau TCL et la comunauté de communes Dombes Saône Vallée (CCDSV) pour le réseau Saônibus.