Le choix de la motorisation par batteries électriques et non par avitaillement à l’hydrogène repose sur deux principales raisons : l'insuffisance de fiabilité budgétaire et calendaire que présente la seconde option. 

Le manque de maturité technologique du secteur et l’absence d’une filière de production locale d’avitaillement en hydrogène auraient nécessité la construction d'une station de distribution dédiée pour approvisionner les bus en hydrogène. Ce besoin aurait généré une complexité logistique de taille, représentant de trop gros risques de dérapages calendaires et de potentiels surcoûts, aggravés par le contexte budgétaire contraint dans lequel se conçoit le projet, dont le coût a d’ores et déjà été revu à la hausse (pour en savoir plus sur le coût du projet cliquez ici). En outre, l'option d'une motorisation hydrogène aurait nécessité des acquisitions foncières potentielles et de flux routiers supplémentaires pour ravitailler le bus depuis la station de production.

En revanche, malgré l’abandon des bus à hydrogène pour ce projet spécifique, la Région continue de soutenir le développement de la filière hydrogène en général, notamment à travers d'autres initiatives liées aux transports (cars H2, trains H2). Cela souligne la volonté de ne pas remettre en question l'avenir de cette technologie, mais d'opter pour une solution plus adaptée aux besoins actuels du projet de BHNS Trévoux-Lyon.